随着事件持续发酵，菲律宾国内也出现一些呼吁政府承担责任的声音。菲众议员杰里 特莱斯呼吁菲律宾人应该团结起来，为减缓与台湾的摩擦做一些工作，以应对政府的不作为。他说：“是时候正式道歉了，这不是丢脸，反而说明阿基诺对人民的在意和谦卑。”菲律宾大学教授兰迪 戴维20日对《环球时报》说，现在的一切问题只有调查报告能够解答，台湾的急切是可以理解的，我们的政府至少应该给予尊重，比如积极配合台湾调查小组的工作，但政府显然把事情搞砸了。
但指责台湾强硬、别有用心的声音明显占据主流。菲参议员米莉阿姆 圣地亚哥19日称，台湾的强硬源于马英九持续低迷的支持率，台媒正在进行一场“抹黑运动”。她还呼吁菲政府重新考虑是否要保留驻台代表处。《菲律宾星报》20日以“马英九的古怪愚蠢行为”为题称，为了外交和在台菲律宾劳工，阿基诺总统已经展示了谦卑正式道歉。台湾的强硬立场和武力展示明显是为了给身陷被动的马英九捞政治分数，“我们为什么要被拖进马英九的古怪愚蠢行为中”？
在这种形势下，“拖”似乎成了菲律宾的应对策略。台湾《联合报》20日以“菲律宾：等台湾息怒才开始解决争端”为题称，菲律宾马尼拉经济文化办事处主席佩雷斯表示，菲律宾正在等待台湾平息怒气，等到适当的时机出现时，才会与台湾方面协商解决争端。
台湾如何能得到一份有诚意的道歉？台湾《中国时报》20日给出的建议是“两岸应联合护渔，逼美国表态”。文章称，这次菲律宾滥杀台渔民事件，百分之百是菲律宾的错，美国却没有站在台湾一边，反而是大陆与台湾同仇敌忾，厉声痛责菲国野蛮。同样是美国盟友，台湾地位还不如菲律宾。这次渔船事件，美方表面保持中立，对于错得离谱的菲国，宽容不语，就是偏袒。台湾虽想在中美军事竞争中找到有利的平衡点，但美方在钓鱼岛及菲律宾滥杀事件处理上，使得台湾不得不和大陆维持更紧密的合作。以台湾军力与预算而言，想长期在南海护渔，根本是不可能的事。抛开两岸“主权”争议与分歧，两岸联手护渔对渔民的确是最实惠的帮助。
台湾淡江大学教授陈一新表示，过去台湾未曾强调对重叠经济海域的司法管辖权，甚至还默认菲律宾在该海域执法，导致长久以来菲律宾也自认为在该海域拥有完全管辖权，这是绝对错误的作为。未来台湾必须加强在这片海域的司法管辖权动作，“海巡署”要积极在该海域捕捉菲律宾船舰，凡是菲国有船舰进入此一海域，台湾就加以逮捕，以强化台湾在该海域的司法权，并且也可以把逮捕的菲国船舰作为和菲国交涉的后盾与谈判筹码。【环球时报赴菲律宾特派记者 刘畅 环球时报驻台北特约记者 萧师言 甄翔】
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