而国民党在由革命政党转型为民主政党，并成为选举机器之后，党主席对参选人选的决定权进一步增强。因此，马英九年初一在连家门前所说的连胜文“非常优秀”，及“任何公职的选举，党内都有完整且实施多年的制度，都要按照制度走，不管哪一位通过初选，就是国民党提名的候选人”，似是已为连胜文参选埋下了伏线。
尽管马英九有关“党内制度”的谈话内容仍是模棱两可，因为这句话对任何一位有意参选的国民党人都可适用，但他却是在连府门前的特定环境所说，就具有一定的指标意义。何况，倘是连胜文真的愿意参选，在国民党内初选胜出的机会就将会甚高，台北市的党员们大多怀有一种“补偿”心理，愿意拱他一把。何况，连胜文的形象甚佳，没有“富三代”、“官二代”的公子哥儿之气，也颇得年轻人的心。
但即使如此，马英九拜会连战，却并非是为连胜文参选的主题直奔而来，即使是有此元素也是“亲上前线进行火力侦察”，而是要借助连战在国民党内的崇高威望，来消除前一段时间他本人与党内基层的隔阂。尤其是在自己的民望已跌至最低，而国民党内人心焕散之下，仍需要连战出来收拾残局。
但连战即使是站在大局着想，愿意不计前嫌，帮扶马英九一把，还是留有余地。最根本的一条，就是马英九这个现任主席，在国民党已经“执政”，掌握行政大权的大好条件之下，竟然没有全面贯彻落实《两岸和平发展共同愿景》，尤其是其中的有关进行洽签两岸和平协议协商，及建立两岸军事互信关系。这应是连战无法完全肯定马英九的关键因素。
而且，马英九只是顾得了安抚连战，却忘记了另一位荣誉主席吴伯雄，看来即使不是刻意为之，也将会在党内制造不平衡。何况，吴伯雄也有儿子吴志扬要参选升格后的桃园市长的问题。另外，前段时间连系“立委”蔡正元所指的主席任期，其中马英九在其第一任主席任期内中断，就是因为“特支费案”发后，辞去党主席并宣布参选。而在此前，吴伯雄在主席任内干得正欢，并经常以此头衔到大陆访问，享尽尊敬之际，马英九却突然要他下马“自己干”；而在马英九当选并出任后，吴伯雄也是在主席位子上干得正欢，却又被马英九抬出“以党领政”的理由，要吴伯雄下马。因此，要说委屈吴伯雄并不亚于连战。但马英九只是向连战拜年，却是望吴伯雄家门而不入，大为失分。
由此可见，马英九的政治手腕仍不够纯熟。
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