吴东野说，两岸的政治问题极其复杂，两岸建立政治互信的阻力，外部强权利益是主要的干扰因素。意识形态、价值观或政治制度不同，并非两岸政治互信进程缓慢的绝对因素，外部因素的干扰才是关键阻力。两岸在军事安全互信的初期作法，有些早已经在进行中(如人员交流)，但进入中程的军事安全互信机制(如军事透明化)，就很难做到。

　　因此，我们需要先考虑立信措施，两岸有了诚信关系，两岸政治互信终将水道渠成。两岸军事安全问题更为复杂，它牵涉到美日等国的战略利益，客观环境的限制导致两岸即便有了最起码的政治互信，两岸军事安全互信的广度与深度，亦未必如想像中的顺利；换言之，两岸有了政治互信，初期的军事安全互信措施可以再进升至中程发展阶段。

　　吴东野说，两岸是家务事，大陆大而强，台湾小而弱，两岸和平发展不是靠军事安全互信机制就可长可久。两岸军事互信因外力介入，问题的复杂性比想像中更难处理，美日国因素是最大阻力。

　　吴东野说，马英九任内两次公布的“国防总检讨”(QDR)，前后内容差异很大。2009年的QDR，鉴于马英九承认九二共识与“不独、不统、不武”原则，有相当的篇幅在呼吁两岸建立军事互信，或要求大陆撤除沿海导弹，并计划以“稳健、务实、循序渐进”的态度，分别以近程、中程、远程三阶段，逐步建立两岸军事互信、签署两岸和平协议。

　 2008年5月刘兆玄在“立法院”的首次施政报告，也是以军事互信与和平协议为大陆政策的施政目标，当年6月陈肇敏在“立法院”更声称“国防部”已制定两岸军事互信机制的政策草案，其中包括预先通知军演活动、台湾主动公布海峡行动准则、并经由两岸交流来降低敌意，以防止军事误判。