在筹备期间,蒋介石企图邀请吴大猷指导原子弹的研制,并将发展原子弹的内部文件交给了吴大猷审核。然而,出乎蒋介石意料之外,吴大猷却认为台湾腹地狭小,在战略上不利于从事核子战争,因而强烈反对台湾发展核武器。蒋介石接到吴大猷的反对意见后非常生气,他在日记中说:留美科学家如吴大猷者,自由不羁,只知自己个人威望,而不知国家利害,亦不审政情艰巨与国际环境,殊为可叹。此种成事不足,败事有余之学者,建设工作尚未开始而先被破坏,殊为可痛,奈何之何哉。
昨日上午,以吴大猷发表政策性之科学十年建设之经费数字,且对国防科学之经费特别提出,此为泄露国家机密,且擅自发表国家政策,以引起“匪共”与国际之惊忌,不胜忧闷。下午,见静波、少谷、经国,商讨如何减轻吴言乱语之分量与国际之疑忌,并取消下午约吴之茶会,对吴作不严之教,未知果能使之觉警。
尽管遭到吴大猷的反对,蒋经国仍继续推行原子弹研制计划。1969年7月1日,“中山科学研究院”正式成立,设四个研究所:第一研究所主要负责研制原子弹;第二研究所研发火箭;第三研究所研究电子;第四研究所研发军用化学。此外,还设置了计划、设施供应、行政、主计等四个后勤支持组。然而,随着中美关系的改善,美国政府逐步调整原先暗助与放任台湾发展核武的政策,在美国的干预下,台湾发展核武的计划最终夭折。
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