而國民黨在由革命政黨轉型為民主政黨，並成為選舉機器之后，黨主席對參選人選的決定權進一步增強。因此，馬英九年初一在連家門前所說的連勝文“非常優秀”，及“任何公職的選舉，黨內都有完整且實施多年的制度，都要按照制度走，不管哪一位通過初選，就是國民黨提名的候選人”，似是已為連勝文參選埋下了伏線。
盡管馬英九有關“黨內制度”的談話內容仍是模棱兩可，因為這句話對任何一位有意參選的國民黨人都可適用，但他卻是在連府門前的特定環境所說，就具有一定的指標意義。何況，倘是連勝文真的願意參選，在國民黨內初選勝出的機會就將會甚高，台北市的黨員們大多懷有一種“補償”心理，願意拱他一把。何況，連勝文的形象甚佳，沒有“富三代”、“官二代”的公子哥兒之氣，也頗得年輕人的心。
但即使如此，馬英九拜會連戰，卻並非是為連勝文參選的主題直奔而來，即使是有此元素也是“親上前線進行火力偵察”，而是要借助連戰在國民黨內的崇高威望，來消除前一段時間他本人與黨內基層的隔閡。尤其是在自己的民望已跌至最低，而國民黨內人心煥散之下，仍需要連戰出來收拾殘局。
但連戰即使是站在大局著想，願意不計前嫌，幫扶馬英九一把，還是留有余地。最根本的一條，就是馬英九這個現任主席，在國民黨已經“執政”，掌握行政大權的大好條件之下，竟然沒有全面貫徹落實《兩岸和平發展共同願景》，尤其是其中的有關進行洽簽兩岸和平協議協商，及建立兩岸軍事互信關系。這應是連戰無法完全肯定馬英九的關鍵因素。
而且，馬英九只是顧得了安撫連戰，卻忘記了另一位榮譽主席吳伯雄，看來即使不是刻意為之，也將會在黨內制造不平衡。何況，吳伯雄也有兒子吳志揚要參選升格后的桃園市長的問題。另外，前段時間連系“立委”蔡正元所指的主席任期，其中馬英九在其第一任主席任期內中斷，就是因為“特支費案”發后，辭去黨主席並宣布參選。而在此前，吳伯雄在主席任內干得正歡，並經常以此頭銜到大陸訪問，享盡尊敬之際，馬英九卻突然要他下馬“自己干”﹔而在馬英九當選並出任后，吳伯雄也是在主席位子上干得正歡，卻又被馬英九抬出“以黨領政”的理由，要吳伯雄下馬。因此，要說委屈吳伯雄並不亞於連戰。但馬英九只是向連戰拜年，卻是望吳伯雄家門而不入，大為失分。
由此可見，馬英九的政治手腕仍不夠純熟。
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