隨著事件持續發酵，菲律賓國內也出現一些呼吁政府承擔責任的聲音。菲眾議員杰裡 特萊斯呼吁菲律賓人應該團結起來，為減緩與台灣的摩擦做一些工作，以應對政府的不作為。他說：“是時候正式道歉了，這不是丟臉，反而說明阿基諾對人民的在意和謙卑。”菲律賓大學教授蘭迪 戴維20日對《環球時報》說，現在的一切問題隻有調查報告能夠解答，台灣的急切是可以理解的，我們的政府至少應該給予尊重，比如積極配合台灣調查小組的工作，但政府顯然把事情搞砸了。
但指責台灣強硬、別有用心的聲音明顯佔據主流。菲參議員米莉阿姆 聖地亞哥19日稱，台灣的強硬源於馬英九持續低迷的支持率，台媒正在進行一場“抹黑運動”。她還呼吁菲政府重新考慮是否要保留駐台代表處。《菲律賓星報》20日以“馬英九的古怪愚蠢行為”為題稱，為了外交和在台菲律賓勞工，阿基諾總統已經展示了謙卑正式道歉。台灣的強硬立場和武力展示明顯是為了給身陷被動的馬英九撈政治分數，“我們為什麼要被拖進馬英九的古怪愚蠢行為中”？
在這種形勢下，“拖”似乎成了菲律賓的應對策略。台灣《聯合報》20日以“菲律賓：等台灣息怒才開始解決爭端”為題稱，菲律賓馬尼拉經濟文化辦事處主席佩雷斯表示，菲律賓正在等待台灣平息怒氣，等到適當的時機出現時，才會與台灣方面協商解決爭端。
台灣如何能得到一份有誠意的道歉？台灣《中國時報》20日給出的建議是“兩岸應聯合護漁，逼美國表態”。文章稱，這次菲律賓濫殺台漁民事件，百分之百是菲律賓的錯，美國卻沒有站在台灣一邊，反而是大陸與台灣同仇敵愾，厲聲痛責菲國野蠻。同樣是美國盟友，台灣地位還不如菲律賓。這次漁船事件，美方表面保持中立，對於錯得離譜的菲國，寬容不語，就是偏袒。台灣雖想在中美軍事競爭中找到有利的平衡點，但美方在釣魚島及菲律賓濫殺事件處理上，使得台灣不得不和大陸維持更緊密的合作。以台灣軍力與預算而言，想長期在南海護漁，根本是不可能的事。拋開兩岸“主權”爭議與分歧，兩岸聯手護漁對漁民的確是最實惠的幫助。
台灣淡江大學教授陳一新表示，過去台灣未曾強調對重疊經濟海域的司法管轄權，甚至還默認菲律賓在該海域執法，導致長久以來菲律賓也自認為在該海域擁有完全管轄權，這是絕對錯誤的作為。未來台灣必須加強在這片海域的司法管轄權動作，“海巡署”要積極在該海域捕捉菲律賓船艦，凡是菲國有船艦進入此一海域，台灣就加以逮捕，以強化台灣在該海域的司法權，並且也可以把逮捕的菲國船艦作為和菲國交涉的后盾與談判籌碼。【環球時報赴菲律賓特派記者 劉暢 環球時報駐台北特約記者 蕭師言 甄翔】
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