吳東野說，兩岸的政治問題極其復雜，兩岸建立政治互信的阻力，外部強權利益是主要的干擾因素。意識形態、價值觀或政治制度不同，並非兩岸政治互信進程緩慢的絕對因素，外部因素的干擾才是關鍵阻力。兩岸在軍事安全互信的初期作法，有些早已經在進行中(如人員交流)，但進入中程的軍事安全互信機制(如軍事透明化)，就很難做到。

　　因此，我們需要先考慮立信措施，兩岸有了誠信關系，兩岸政治互信終將水道渠成。兩岸軍事安全問題更為復雜，它牽涉到美日等國的戰略利益，客觀環境的限制導致兩岸即便有了最起碼的政治互信，兩岸軍事安全互信的廣度與深度，亦未必如想像中的順利﹔換言之，兩岸有了政治互信，初期的軍事安全互信措施可以再進升至中程發展階段。

　　吳東野說，兩岸是家務事，大陸大而強，台灣小而弱，兩岸和平發展不是靠軍事安全互信機制就可長可久。兩岸軍事互信因外力介入，問題的復雜性比想像中更難處理，美日國因素是最大阻力。

　　吳東野說，馬英九任內兩次公布的“國防總檢討”(QDR)，前后內容差異很大。2009年的QDR，鑒於馬英九承認九二共識與“不獨、不統、不武”原則，有相當的篇幅在呼吁兩岸建立軍事互信，或要求大陸撤除沿海導彈，並計劃以“穩健、務實、循序漸進”的態度，分別以近程、中程、遠程三階段，逐步建立兩岸軍事互信、簽署兩岸和平協議。

　 2008年5月劉兆玄在“立法院”的首次施政報告，也是以軍事互信與和平協議為大陸政策的施政目標，當年6月陳肇敏在“立法院”更聲稱“國防部”已制定兩岸軍事互信機制的政策草案，其中包括預先通知軍演活動、台灣主動公布海峽行動准則、並經由兩岸交流來降低敵意，以防止軍事誤判。